The 4th Iranian Conference on Systems Biology, اردیبهشت ماه ۱۴۰۰

Accepted papers in The 4th Iranian Conference on Systems Biology

• The trace of metabolites in progression of diabetes mellitus

• Selection of the best growth kinetic model of Penicillium brevicompactum through a new reconstructed genome scale metabolic model

• Transcriptome Analysis of candidate genes associated with defense responses to drought Stress in Wheat (Triticum aestivum L.) Root

• Introducing in silico based strategies for modeling and predicting proteinprotein interactions involved in anticancer mechanisms of actions of metformin against thyroid carcinoma

• Identification of Celecoxib targeted proteins using thermal proteome profiling on rat hippocampus

• System Biology Approach for Drug Repositioning Against Parkinson's Disease

• Exploring hub genes in hepatocellular carcinoma using a systems biology approach

• Integrative systems biology approach prioritizes geldanamycin-HSP۹۰AB۱ as a common drug-target candidate in type ۱ diabetes and multiple sclerosis

• شناسایی ژن های کلیدی موثر بر کیفیت نانوایی دو رقم گندم نان ایرانی در ۵ روز بعد ازگرده افشانی براساس مطالعه شبکه میان کنش پروتئین-پروتئین

• A network-based approach to drug repositioning and its applications

• An R package for quality control of genome-wide association study results

• Improving Biological Activity Prediction Using Recursive Clustering Algorithm

• Which one will be more applicable in the future of ligand based in computational drug design studies: neural network or deep learning?

• Deep neural network in QSAR studies using deep belief network

• Medndelian randomization analyses refer to a protective role for VLDL concentration against type ۲ diabetes

• Multi-omics approaches reveal new targets and mediating mechanisms for blood pressure

• Prioritization and follow up of primary open-angle glaucoma associated genes

• Genomic instruments help to find Driver nodes in co-expression networks

• بررسی و ارائه نشانگرهای زیستی جهت شناسایی پیشروی بیماری هپاتیت B به سمت کارسینوم سلولهای کبدی با رویکرد زیست شناسی سامانه ای

• Secondary metabolite genome annotation for a new Nonomuraea sp.

• شناسایی بیوانفورماتیکی سیگنال پپتید موثربرای بیان پری پلاسمیک فاکتور رشد انسانی در E. coli

• Stratified genome-wide association analysis of blood pressure traits reveal new specific loci for systolic and diastolic blood pressures

• A Robust Fuzzy-logic-based Analysis of the Stochastic Dynamics of a Genetic Toggle Switch in the Presence of Uncertainty

• Identification of Key Proteins in different stages of Hepatocellular carcinoma (HCC) compared to Normal Liver tissue with a Systems Biology approach

• Development of a General Algorithm to Identify n-Tuple Synthetic Lethal Reactions in Genome-Scale Models: A Systematic Approach Based on Fast-SL

• Decoding linagliptin protective effects on kidney and cardio by investigating its transcription factors (TFs)-micro RNAs -target genes regulatory network

• Investigation of expression IL۶ST in Asthenozoospermic men using microarray and RNAseq Meta-analysis Data

• A systematic approach revealed hub genes and signaling pathways in EGFRTKI-resistance small-cell lung cancer (SCLC)

• Identification of Genes and Pathways in Colorectal Cancer and the Potential Role of Probiotics on its Prevention

• A Framework for Improving the Predictive Model of Breast Cancer Recurrence

• The spectrum of macrophages phenotypes could be determined by PPInetwork and transcription f actor enrichment analysis

• Bifurcation analysis reveals mechanisms of macrophage polarization

• Cisplatin-resistant cancer cells proceed in to a polyploidy state through activation of a network of signaling pathways

• بررسی تاثیر عصاره های گیاهان دارویی بر بیان ژن ها در سلول های سرطانی با استفاده از روش فراتحلیل

• شناسایی نواحی ویرایش RNA در بیماران مبتلا به سرطان معده با استفاده از داده های توالی یابی RNA

• شناسایی PTKهای هم بیان با ژن ADAR از طریق داده کاوی پروفایل بیان ژن در بیماران مبتلا به سرطان معده

• Dynamic genome-scale metabolic modeling of Pichia pastoris by integrating transcriptomics using TRFBA algorithm

• شناسایی نواحی ژنومی مرتبط با مقاومت به نژادهای مختلف فوزاریوم در نخود با استفاده از آنالیز Meta-QTL

• Prediction of gene ontology by deep learning

• Systems-Oriented Strategy for Succinic Acid Production in E. coli

• Detection hub genes involving in celiac disease

• Microalgae Metabolic Modelling: Formulation, Analyses, Applications, and Challenges

• Perdition of Smoking in Young Adults Based on Machine Learning Methods:A System Medicine Approach

• یافتن miRNA های جدید مرتبط با بیماری آلزایمر با استفاده از پایگاه داده های بیوانفورماتیک

• ۲-hpp production by the yeast saccharomyces cerevisiae

• بررسی پروفایل بیان ژنی تومورهای سرطان سینه متاستاز شده به ریه جهت شناسایی شبکه پروتئینی با استفاده از روش های سیستم بیولوژی

• Identification and Control of Bacillus thuringiensis Batch Bioreactor Using Neural Network Approach

• Integration of Transcriptome and Proteome Datasets for Finding Novel Biomarkers in Acute Lymphoblastic Leukemia

• Deciphering the transcription factor-microRNA-target gene regulatory network associated with Endometriosis ,and Identification of core genes of Endometriosis using PPI analysis

• بررسی اهمیت پارامترهای مدل برای شبکه متابولیک تنظیمی در باکتری اشریشیا کلی

• مروری بر کاربرد سیستم CRISPR/Cas۹ در کاهش انکوژن زایی سرطان تیروئید آناپلاستیک

• واکاوی پروتئوم و ژنوم گونه های لاکتوباسیل و بیفیدوباکتر جهت بررسی باکتریوسین ها و مقابله با باکتریهای پاتوژن

• Identification of core genes and outcomes related to the effect of Crizotinib on gastric cancer using bioinformatics analysis

• In Silico Selection of an Optimal Signal Peptide for Improve Expression and Secretion of Human Interferon Alpha ۲b (IFN-۲b) in E. coli

• مقایسه توالی ژن لیمونن سنتاز گونه های جنس نعنا (Mentha spp.)

• Transcriptomic analysis of MCF-۷ cells treated in acidosis

• آنالیز ترنسکریپتومی کارسینوم هپاتوسلولار جهت تشخیص ژن های کلیدی در این بیماری

• بهبود تولید هیالورونیکاسید با روش مبتنی بر زیست شناسی سامانه ها

• Gut-brain axis dysfunction in Autism Spectrum Disorder Affected by Microbiota & Metabolic Network

• Bio-based succinic acid and systems metabolic engineering, a brief review

• Metabolic Pathway Engineering of Chlamydomonas reinhardtii Microalgae to Increase Hydrogen Production

• Using possibilistic clustering method in microarray dataset of Alzheimer

• In silico analysis to predict involving pathways of transcribed ultraconserved regions (T-UCRs) in the bladder cancer

• Genome-scale Constraint-based Metabolic Modelling of Propionibacterium freudenreichii

• Genome-Scale Tissue-specific Reconstruction and Analysis of Metabolic Network in Glioblastoma multiform and Glioblastoma Stem Cells for Identification of Novel Anti-Brain Tumor Drug Targets

• Critical assessment of genome-scale metabolic Models of Arabidopsis thaliana

• تشخیص بیماری اوتیسم با استفاده از netDX و تصاویر تشدید مغناطیسی عملکردی

• شناسایی ژن های دخیل در تحمل به تنش شوری برنج با استفاده از رویکرد متاآنالیز