4th Iranian Conference on Bioinformatics, آبان ماه ۱۳۹۱

Accepted papers in 4th Iranian Conference on Bioinformatics

• یک الگوی چند متغیری بیزی برای شبکه های ژنی

• معرفی نرم افزار تعیین هویت ژنتیکی NoorGIS

• روشی جدید برای استن تاج هاپلو تایپ بر اساس دیدگاه بیشینه صرفهجویی

• بررسی مقایسهای دو مفهوم همراهی شار ها و همبستگی شار ها در شبکههای متابولیکی

• یک الگوریتم مکاشفهای برای حل مسئله ی معکوس تاشدگی ساختار RNA

• مهندسی معکوس شبکه های تنظیمی ژنی برپایه داده های زمانی ریزآرایه DNA و الگوریتم فوق اکتشافی جستجوی هارمونی

• پیش بینی میزان تمایل به گیرنده نوروکینین 1(NKR) برای برخی مشتقات تغییریافته پپتیدسابستنس پی (Substance P) بااستفاده از نرم افزارAutodock 4.2

• تقطیع تصاویرMRI مغزی توسط الگوریتم کلونی مورچههای بهبود یافته

• تغیر های کنفور ماسیونی ناشی از اگونسیت در سایت اتصال از گیرنده های ادنوزینی A2A

• مقایسه انرژی ازاد پیوند ناشی از داکینگ تیا ستازون با 77 تارگت مایکو باکتریوم توبر کلوزیس

• مقایسه اثر دنباله هیستیدینی در تجمع پروتئین آلفاسینوکلئین براساس نتایج پیشگویی و آزمایشگاهی

• به کار گیری الگوریتم های بیوانفورماتیک در تشخیص HIV1 و HIV2

• فرایندهای تصادفی در تصمیم گیری سلولی

• استفاده از بیو انفرماتیک برای بررسی مقایسه ای دو کروموزوم ژنوم بروسلا از نظر ژنهای ضروری

• مطالعه رابطه بین کدونهای مترادف کاربردی و عملکرد ژن در Synechococcus sp.

• بررسی محاسباتی برهمکنش پروتئین Rad51D با DNA به منظور یافتن بخشهای نامشخص در مکانیسم عملکرد ترمیم DNA به روش نوترکیبی هومولوگ محمد

• بررسی ساختار و توالی آنزیم بتاسکرتاز

• طبقه بندی زیرگروه ویروس آنفولانزا با استفاده از تکنیک های داده کاوی

• دسته بندی و پیش بینی گونه های مختلف بابونه با استفاده از یادگیری ماشین

• بررسی تنوع و ارتباط ژنتیکی بین ژنوتیپ های زیتون خودرو و وحشی ایرانی با استفاده از روشهای بیوانفورماتیک

• توسعه ی نرم افزار CS-MINER به عنوان ابزاری برای جستجوی منطقی در فضای دارویی

• آنالیز بیوانفورماتیکی داده های ریزآرایه بیماری آنفولانزا و تعیین عوامل رونویسی over (Mice) در موش expressed

• بررسی پروفایل عناصر تکراری ژنومی تکثیر یافته براساس تکنیک REP-PCR در تمایز گونههای لاکتوباسیل های جدا شده از محصولات لبنی سنتی

• بررسی اثر دما روی ساختار α-1-آنتی تریپسین به وسیله شبیه سازی دینامیک مولکولی

• استفاده از خواص فیزیکی-شیمیایی آمینواسیدها در پیش بینی باندشدن پپتید آنتیژنی به مولکول І کلاس MHC

• پیش بینی پروتئینهای متصل شونده به لیپید بر اساس ماشین بردار پشتیبان با استفاده از خصوصیات مربوط به توالیها

• آنالیز فیلوژنی مولکولی اعضای قبیله Eritrichieae از خانواده گاوزبان بر اساس توالی کلروپلاستی psbA- trnH

• تحلیل تفاوت های ژنوتیپی و ارائه راه حل جدید مسئله بازسازی هاپلوتایپ ها

• ساخت مدل 5- آلفا ردوکتاز انسانی به روش مدلسازی متجانس بوسیله برنامه مدلر

• بررسی نظری اتصال چند مشتق جدید سندیمون به گیرنده اش به منظور طراحی یک داروی جدید

• ساخت پایگاه داده از قطعات پپتیدی: دیدگاهی جدید برای طراحی پروتئین های نوترکیب

• یافتن تغییر ساختار ژنوم با استفاده از الگوریتم ژنتیک

• پیش بینی رفتار ویروس آنفلوانزا با استفاده از الگوریتمهای دنبالهکاوی

• مدل تخمین بهینه پارامترهای جنبشی در منحنی رشد تومورها با پیمانه موازی اتوماتای یادگیر تصادفی

• پیش بینی و اعتبارسنجی تعامل های پروتئین پروتئین در گلبول های قرمز خون براساس زنجیره های جانبی آمینو اسیدی در ساختار اولیه پروتئین

• مطالعه کوانتومی تاثیر ساختار دوم پروتئین روی خاصیت اسیدی هیستیدین در زنجیره پلی پپتیدی گلایسین

• مدل سازی ساختار سه بعدی پروتئین p15INK4b انسانی بر اساس توالیهای همولوگ

• استفاده از سیستمهای ناهمگون به عنوان شتاب دهنده در بیوانفورماتیک

• ارزیابی دقت نرم افزارهای پیش بینی کننده ساختارهای ساقه -حلقه شبه پیش سازهای microRNA در ژنوم انسان

• ابعاد حقوقی چالش های حقوق مالکیت فکری در بیوانفورماتیک

• بهینه سازی پرس و جو ها در سیستم های رابطه ای

• ساخت یک محیط محاسبات شبکه ای برای بیوانفورماتیک

• همکاری بین انفورماتیک پزشکی و بیوانفورماتیک : تسهیل پزشکی ژنومیک برای مراقبت های بهداشتی آینده

• بیوانفورماتیک در ارزیابی و توسعه دارویی

• بررسی کاربردهای محاسبات شبکه ای در بیوانفورماتیک

• مهارت های داده کاوی در محاسبات بیوانفورماتیک کاربردی

• توسعه الگوریتم بیوانفورماتیک برای محیط های شبکه ای

• بررسی کاربردهای بیوانفورماتیک در معماری های موازی

• مطالعه همزمان داکینگ ایزونیازید و تیاستازون برای یک گروه از پروتئین ها به عنوان اهداف دارویی بالقوه ضد مایکوباکتریومی

• بررسی مهمترین کیناز های فسفریله کننده پروتئین تاو

• شناسایی ژن GCG به عنوان یکی از ژنهای کلیدی افزایش بیان یافته در بیماریUlcerative Colitis

• بررسی اثرات مهاری مشتقات کومارینی برروی آنزیم بتا سکرتاز انسانی به روش مولکولار داکینگ

• آنالیز بیوانفورماتیکی پروتئین کایمریک طراحی شده به عنوان واکسن سهظرفیتی خوراکی علیه عفونت های اسهالی باکتریال

• مدلسازی مکانیسم تحمل شوری سلول های گیاهی به کمک شبکه های پتری شی گرا سلسله مراتبی

• تیروزیناز و مدل سازی آن

• طراحی کامپیوتری پپتیدهای حلقوی و خطی به عنوان مهارکننده رسپتورTrk b و نشان دادن تفاوت بین عملکرد باندشدن و کانفورمیشن آنها

• تشخیص ساختار طبیعی پروتئین با استفاده از تابع نمره دهی مبتنی بر مفروش سازی دلونی

• بررسی بیوانفورماتیکی واکسن زیرواحدی و DNA علیه سویه های مختلف بروسلا

• مطالعه و بررسی بیوانفورماتیکی استیل ترانسفرازی مخمر (AYT1)

• آنالیز شکاف های سطحی در پروتئین غشای خارجی جاذب آهن bauA در اسینتوباکتربومانی

• بررسی اپی توپ های خطی و کونفورماسیونی پروتئین 3QLB در سودوموناس

• پیشگویی نوع تومور ریوی با استفاده از مدل های SVM بر اساس خصوصیات ساختاری و فیزیکوشیمیایی پروتئین های درگیر

• مطالعه توالی، ساختار و عملکرد AGAP به عنوان داروی ضد سرطانی در مهار VEGF

• بررسی اپی توپ های پروتئین core ویروس هپاتیت C با نرم افزارهای پیش بینی اپی توپ

• آنالیز مقایسه ای الگوی بیان ژن در سرطان های معده ، روده و سینه با استفاده از داده های microarray

• به کارگیری داده های Microarray در بررسی مقایسه ای بیان ژن در تومورهای پانکراس و مغز

• مطالعات داکینگ کلادربین، فینگولیمود و انواع جهشیافته به پروموتور ژن P53

• ژن: merR مقایسه و آنالیز فیلوژنتیکی و بیوانفورماتیکی به منظور بررسی حساسیت های مختلف به ترکیبات جیوه

• تعیین رابطه ک می بین miRNA ها و mRNA ها در سرطان سلول های جرمی

• مدل سازی پروتئین های حاصل از انواع DNAواکسن آنفلوانزای پرندگان H9N2 شامل هماگلوتینین 9، چند تکرار 92 اسیدآمینه ای C3d به علاوه قلمروهای 3و4 FcIgY

• بررسی فیلوژئوگرافی و فیلوژنی قوم تات در ایران

• بررسی تداخل دارویی کولشی سین و آسیپرین با پروتئین آلبومین سرم انسانی به روش داکینگ

• تجزیه و تحلیل داده های میکرواری مربوط به تاثیر دود سیگار بر سلول های مخاط دهان در مردان و زنان

• بررسی بیوانفورماتیک مارکرهای ژن دیستروفین

• بررسی بیوانفورماتیکی سازه دو قسمتی حاوی زیرواحدهای B سم شیگا و کلرا به عنوان یک کاندید واکسن خوراکی

• طراحی مدلهای پیشبینی جهت تعیین ساختار پروتئین نانوگ در گونههای مختلف

• طراحی مدل های پیش بینی جهت تعیین ساختارارگانیزمی پروتئین ساکس 2

• ایجاد اختلالات عصبی در اثر کاهش بیان ژن پروتوکادهرین آلفا زیرخانواده PCDHAC2) C2) در میزبان، در طی آلودگی با ویروس پاندمیک آنفولانزای A(H1N1)

• بررسی نقش کاتالیزورهای انتقال دهنده فسفات در درمان بیماری مادرزادی ژنتیکی لبر (LCA)

• بررسی شباهت و همولوژی فاکتورهای رونویسی در گونه های مختلف

• مطالعه بیوانفورماتیکی یک لیپاز مقاوم به حرارت از باکتری بومی Enterobacter sp.

• آنالیز پروموتور ساختار ارگانیزمی آنزیم آسیل کریر پروتئین دیسچوراز

• پیش بینی متغییرهای ژنی آنزیم امگا-3 فتی اسید دیسچوراز براساس مدل های بیوانفورماتیک

• Down & Up regulated و رسم شبکه ژنی مربوط به ژن های Transcription factor بررسی Multiple sclerosis در بیماری up & down Regulatedبین مهمترین ژن های crosstalk و

• یافتن میکروRNA های دخیل در مسیر سیگنالینگ VEGF با استفاده از روشهای بیوانفورماتیک و رسم شبکه میانکنشی ژن-میکروRNA

• تعیین ساختار سه بعدی سایت کتالیتیک آنزیم آرتمیزینین سنتتاز (amorpha-4,11-diene synthase) و کاربرد آن در مهندسی آنزیم برای اهداف بیوتکنولوژیک

• آنالیز ژنومی مقایسه ای به منظور مطالعه ی سیستم های مقاوم به کادمیم و تنظیم شونده بوسیله CadR (از خانواده MerR )در گونه های سودوموناس

• آنالیز بیوانفورماتیکی ناحیه کنترل در نژادهای گوسفند

• شناسایی پروتئینهای کلیدی در زنجیره انتقال الکترون با استفاده از پارامترهای مرکزیت

• مقایسه ماشین بردار پشتیبان و شبکه عصبی برای طبقهبندی پروتئینهای متصل شونده به لیپید

• شناسایی تفاوت های تک نوکلئوتیدی در ژن رمز کننده زیرواحد دوم آنزیم سوکسینات دهیدروژناز از گندم متحمل به شوری بومی ایران و بررسی اثرات آن ها بر پایداری این آنزیم

• مطالعه فیلوژنتیکی ژن فلاون سینتاز 1

• مطالعه بیوانفورماتیکی ساختار سه بعدی آنزیم فلاون سنتاز 1

• معرفی ویژگی های موثر بر pH بهینه آنزیم زایلاناز و ارائه مدل پیش بینی کننده دقیق رفتار آن در شرایط مختلف

• مقایسه بیوانفورماتیکی پپتیدهای ضد میکروبی باکتریایی

• بررسی توالی های سیگنال شناسایی هسته (NLS) متعلق به پروتئین های High Mobility Group در گیاهان و قارچ ها

• پیش بینی ثبات پروتئین ها در اثر جهش های نقطه ای در همولیزین باسیلوس سرئوس

• بررسی و مطالعه روابط فیلوژنی آنزیم گلوتاتیون ردوکتاز در گاوهای شیری

• آنالیز ترجیح کدونی در ژنوم سیانوباکتری Synechococcus sp.

• چالش های بهره برداری سامانه ملی ژنتیک بدنبال حجم بالای داده ها

• بررسی صحت پیش بینی برنامه های پیش بینی کننده ساختار ژن مبتنی بر de novo و مبتنی بر همولوژی در گندم نان

• بررسی بیوانفورماتیک مارکر ژنومی DXS548

• فیلوژنی مولکولی جنس خلر Lathyrus (تیره حبوبات) براساس توالی ریبوزومی هسته ای nrDNA ITS و توالی های کلروپلاستی trnS-G و trnT-Y

• مهندسی سیگنالپیتید Mfa مخمر Saccharomyces cerevisiae جهت افزایش ترشح پروتئین

• رویکرد بیوانفورماتیک برای تولید فیوژن پروتئین کایمریک اپسیلون بتا clostridium perfringens و بیان آن در Escherichia

• توان بالقوه پپتید ضد میکروبی سنتیک غنی از هیستیدین به عنوان عامل درمان سرطان مطالعه شبیه سازی دینامیک مولکولی

• مقایسه بخشی از توالی ژن های TCHH و EDAR در چند گونه دامی

• کاوش قوانین وابستگی در توالی های ویروس آنفولانزا

• بررسی بیوانفورماتیک مارکر ژنومی DXS548

• مطالعه بیوانفورماتیکی پلیگالاکتورونازهای قارچی

• رونوشت Medicago truncatula تحت شرایط تنش شوری: با تاکید بر نقش محوری فاکتور نسخه برداری MYB

• یک پروتئین نوترکیب چند اپی توپی به منظور تولید واکسن بر علیه ویروس آنفولانزا با استفاده از روش های بیوانفورماتیک

• Machine Learningپیش بینی کلاله سه شاخه و چند شاخه زعفران با استفاده از

• پیش بینی گونه های مختلف بابونه با استفاده از یادگیری ماشین

• به کارگیری الگوریتم های بیو انفورماتیک در طبقه بندی سلولازهای میکروبی بر اساس محتوای پروتئینی

• شناسایی اهداف دارویی احتمالی برای چرخه های متابولیکی مختلف Brucella melitensis با

• نرمافزار ®GenAlEx در برآورد پارامترهای ژنتیکی جمعیتها با استفاده از دادههای نشانگرهای ریزماهواره

• ایجاد جهش نقطه ای مجازی به منظور افزایش پایداری دمایی آنزیم آمیلاز سنتز شده توسط باکتری Thermococcus

• مدل سازی به روش In silico به منظور ایجاد مقاومت دمایی در آمیلاز بالقوه صنعتی سنتز شده از باکتری stearothermophilus eobacillus

• آلفا هلیکس های بلند در پروتیین ها از بهم پیوستن هلیکس های کوچکتر و یا اضافه شدن متناوب اسید آمینه ها به مارپیچ های کوتاه تر تشکیل نشده اند

• (Astragalus, Fabaceae) از گون های خاردار Anthylloidei فیلوژنی مولکولی بخشه

• آنالیز مق ایسهای ژنوم عامل بیماری بروسلوز با انسان با استفاده از بیوانفورماتیک

• شناسایی اهداف دارویی احتمالی برای چرخه های متابولیکی مختلف Brucella melitensis با In Silico روش

• ژن های القاء شده در برنج بعد از تیمار بوسیله بنزوتیودیازول EST آنالیز

• بررسی و معرفی مهمترین پایگاه های داده جهت ارزیابی بیوانفورماتیکی حساسیتزایی موجودات تراریخته

• شناسایی و طبقه بندی پایگاه های اطلاعاتی بر خط گیاهان تراریخته

• تجزیه وتحلیل آماری کل ژنوم

• بررسی آنزیم های مسیر بیوسنتز اینولین در گیاهان

• بررسی اثر وراثت پذیری بر تغییرات همخونی در انتخاب ژنومی

• کاربرد نرم افزار R( بسته نرم افزاری SNPassoc) در مطالعات گسترده ارتباطی ژنومی (GWAS)

• بررسی تنوع درژ نهای ردوپسین و پیش بینی تاثیر هیدروفوبیسیتی ساختار آن در عملکرد ردوپسین های آرکه آ و باکتریایی

• بررسی مقایسه ای مابین نرم افزارهای مختلف پیرایش و پاکسازی برای RNA-Seq

• RNA-Seq: مزایا، معایب ،مشکلات، چالشها و کاربردها

• بررسی اثرانگش تهای موجود در پپتیدهای ضد باکتریایی دوزیستان به منظور شناسایی سریع پپتیدهای جدید و ناشناخته

• فیلوژنی Onobrychis بخشه (Hedysareae- Fabaceae) Onobrychis بر اساس توالی های nrDNA ITS هسته ای

• بررسی عوامل رونویسی درگیر در سرطان مثانه با استفاده از تجزیه و تحلیل داده های ریز آرایه

• آنالیز پروموتوری ژن PFT1 و تاثیر فاکتورهای رونویسی مشترک بربیان ژن دفاعیPDF1.2

• مطالعه دامنهها و جایگاههای فعال پروتئین های موثر در تنش فلزات سنگین در گیاهان و جانوران

• پیشبینی ثبات پروتئین ها در اثر جهش های نقط های در همولیزین باسیلوس سرئوس

• اختصاصی کردن ماتریس امتیاز PAM : بررسی ماتریس مربوط به پروتئینهای سایتوکرمC

• شناسایی عوامل کنترل کننده بیماری آتشک گلابی در شرایط آزمایشگاه توسط روشهای مولکولی

• از قارچ در دو فرم اختصاصی(TEF) translation elongation factor مقایسه بیوانفورماتیکی ژن عامل پژمردگی آوندی خیار Fusarium oxysporum

• شناسایی، طبقهبندی و مطالعه فیلوژنتیکی اعضای خانواده گلوتاتیون S-ترانسفراز در گیاه جو

• آنالیز بیوانفورماتیکی خانواده ژنی wrky در گندم

• بررسی پاسخ گیاه جو به تنش خشکی با استفاده از دادههای EST

• شناسایی یک پروتئین فرضی ژنوم بروسلا به عنوان هدف دارویی بالقوه برای بیماری بروسلوز از طریق بیوانفورماتیک

• مقایسه بیوانفورماتیکی ترجیح کدونی ژنهای رمز کننده پمپ انتقال دهنده فلزات سنگین (P1B- ATPase) بین گیاهان و باکتریهای مختلف

• بررسی جایگاههای بالقوه N- گلیکوزیلاسیون بر روی مولکول بتا اینترفرون بوسیله استراتژی مهندسی گلیکوزیلاسیون

• پیش گویی و مدل سازی ساختار مقاوم به حرارت آنزیم فیتاز قارچی مبتنی بر ابزارهای بیوانفورماتیکی

• شناسایی بیوانفورماتیکی micro RNA ها و ژنهای هدف آنها در هلو

• ابزارها و پایگاه های تحلیل ژنومیک سرطان: سرطان پستان

• نقش آنزیم گلای اکسالاز 1 در سمیت زدایی متیل گلی اکسال و ترسیم شبکهی پروتئینی برای این آنزیم

• آنالیز داده های میکروآرایه mRNA و دادههای میکروآرایه microRNA: فرایند نرمالسازی

• آنالیز بیوانفورماتیکی انتهای `3 ژنوم جدایه های ویروس S سیب زمینی استان کرمان و مقایسه با سایر جدایه های ایرانی موجود در بانک ژن

• مقایسه توالی های بیان شده در ریشه گندم تحت تنش های شوری و خشکی

• سازی و بررسی ساختار پروتئین مرتبط با پاتوژن (PRپروتئین ها) در گیاه Hordeum vulgare L.

• مولکولی rpL32-trnLUAG spacer

• تکامل مولکولی پروتئین پوششی و p25 مربوط به جدایه های ایرانی ویروس زردی نکروتیک رگبرگ چغندر

• بررسی کامپیوتری خصائل مولکولی مرتبط با فعالیت ضد مایکوباکتریایی در پپتیدهای خطی

• طراحی و راهاندازی وبلاگ آموزشی ،روشی نو در آموزش دروس علوم آزمایشگاهی

• آشکار سازی توالی تنظیمی سیس و ترانس مستقر در نواحی غیر کد گذار ژن فاکتور 8 انسانی ، مبتنی بر آنالیزهای بیوانفورماتیکی

• فیلوژنی مولکولی سرده (Polygonaceae) Polygonum بر اساس ژن کلروپلاستی matK

• بررسی نقش دوماین آلفا2 در تغییر ساختار پروتئین پریون انسانی

• بررسی و مقایسه پرکاربرد ترین برنامه های نرم افزاری، برای تجزیه داده های حاصل از نشانگرهای مولکولی در جهت بررسی تنوع ژنتیکی

• مهندسی آنزیم فیتاز Aspergillusfumigatusجهت افزایش پایداری حرارتی

• آنزیم بتا - زایلوزیداز Selenomonas ruminantium جهت افزایش پایداری حرارتی

• روشی نوین جهت تخمین دادههای گمشده ریزآرایه DNA

• ررسی مقایسه ای ترنسکریپتوم برگ برنج تحت شرایط نرمال و تنش خشکی با استفاده از دادههای EST

• مطالعه پریون انسانی ونوع موتاسیون یافته آن Asp178Asn به روش شبیه سازی دینامیک مولکولی

• شناسایی میکرو آر ان آ ها و ژن های هدف مرتبط با آنها در چاودار

• بررسی بیوانفورماتیکی ژن پاسخ دهنده به تنش خشکی rd29A در گیاه آرابیدوپسیس تالیانا

• آنالیز برخی از خصوصیات بیوانفورماتیکی ژن پروانسولین انسانی

• بررسی بیوانفورماتیکی ژن سکوالن سینتاز در گونههای مختلف گیاهی

• بررسی عوامل رونویسی درگیر درمقاومت نسبت به آنفولانزا با استفاده از تجزیه و تحلیل داده های میکرواری

• سکتورهای پروتیینی در مارپیچ های آلفا: جستجوی نواحی بهم پیوسته متغیر در مارپیچ های آلفا